Phở chua là một món ăn được chế biến khá cầu kỳ. Nguyên liệu chính là bánh phở, nhưng phải là bánh tráng xong để nguội, vừa dẻo vừa dai, không nát. Thịt lợn phải là thịt ba chỉ, sau khi tẩm ướp, rán giòn, có màu vàng sậm. Riêng vịt quay, phải chọn những con vịt béo tròn, cho các gia vị như lá hoặc quả mắc mật, hạt dổi... vào trong bụng khâu lại, sau đó xoa mật ong lên lớp da, quay trên than hồng cho thật vàng.
Tiếp đến là miến dong, là miến có màu hơi sậm (do không tẩy trắng) chao qua mỡ cho giòn. Một nguyên liệu không thể thiếu là khoai tàu, người Tày ở Cao Bằng gọi là “phước hom” (củ to, bở và ngọt) thái chỉ, chao qua mỡ cho thật vàng và giòn. Gan lợn thái mỏng, chiên sém mặt; dạ dày lợn làm sạch, luộc qua rồi đem chiên. Ngoài các nguyên liệu chính nói trên, món phở chua còn có các gia vị khác như lạc rang, các loại rau thơm như húng, mùi, hành, dưa chuột thái mỏng... Khi đã chế biến các nguyên liệu và gia vị đầy đủ, người nội trợ mới tiến hành pha trộn nước phở. Công đoạn này phải làm thật khéo và cẩn thận vì đây là khâu quan trọng, nó quyết định món phở chua có ngon hay không. Nước để trộn phở gồm nước hầm xương pha với giấm, đường, mì chính đun lên, cho thêm chút bột đao (hoặc bột dong riềng). Nước trộn phở đạt yêu cầu phải có độ sánh, vị chua ngọt hài hòa.
Bánh phở đem trần qua nước sôi, cho ra rá để cho khô và thật nguội. Sau đó cho vào tô to, cho các gia vị lên trên, rắc lạc rang giã nhỏ và tưới nước trộn. Phở được trộn đều, nhanh tay và tránh bị nát. Tuỳ theo khẩu vị của từng người mà có thể thêm gia vị như ớt, hạt tiêu... Phở chua là món ăn nguội, thành phần mặc dù có nhiều chất béo, nhưng khi ăn không có cảm giác ngấy.
Lần đầu tiên thưởng thức, người dùng chưa thể cảm nhận được hết cái ngon và hương vị đậm đà của món ăn, nhưng khi đã quen thì vị thơm ngon của các loại gia vị, chua ngọt của nước sốt và độ dai dẻo của bánh phở sẽ làm bạn nhớ mãi không thể quên.